L'autisme est aujourd'hui le trouble du comportement qui connaît le plus fort taux de croissance dans les pays occidentaux. Avec une augmentation de 600% du nombre de cas en à peine vingt ans, la science reste sans réponse face aux causes exactes de cette maladie. Mais un nombre croissant de scientifiques s'accordent désormais à penser que l'origine de cette maladie pourrait finalement ne pas être que génétique, mais être surtout lié à notre environnement et à nos modes de vie, en lien avec notre système digestif. Le documentaire part à la rencontre de ces scientifiques qui étudient à la loupe ce milieu très complexe qu'est notre flore intestinale, en quête d'indices qui permettraient d'élucider les causes de l'autisme. Il met également en avant la mobilisation de parents, aux Etats-Unis et au Canada, qui luttent chaque jour pour faire avancer la recherche et ont réussi à faire baisser de manière significative les troubles qui touchent leurs enfants en changeant leur nutrition ou en testant de nouveaux traitements antibiotiques de choc. Scientifiques et parents espèrent ainsi percer le mystère de cette pandémie inquiétante.